Kõik EELK UI immatrikuleeritud üliõpilased moodustavad EELK UI üliõpilaskonna. EELK Usuteaduse Instituudi usuteaduskonnas õpib u 130 üliõpilast.
Üliõpilaskond valib oma esindajad EELK UI Üliõpilasesindusse, mille kaudu on üliõpilaste võimalus osaleda nii teaduskonna nõukogu (välja arvatud akadeemilist pädevust nõudvates küsimustes) kui UI nõukogu töös. Vastavalt EELK UI põhikirjale on üliõpilasesindajate arv instituudi nõukogus vähemalt 1/5 nõukogu koosseisust.
Üliõpilaskonna initsiatiivil toimuvad instituudis mitmesugused juba traditsiooniks saanud üritused nagu instituudi jõulupidu, rebastepidu jms.