Kirikuajaloo kui distsipliini arenemisele protestantlikes ülikoolides aitas kaasa üldajaloo politiseerumine. 16. sajandi lõpuks olid üksteisest eristunud kolm ajalookirjutuse ala: poliitiline-, kiriku- ja kirjandus- e pedagoogikaajalugu. Sellise jaotuse kohaselt oli kiriku ajalugu osa üldisest inimkonna ajaloost, mille uuritavaks objektiks oli empiiriline institutsiooniline kirik. Teoloogias nähti kiriku ajalugu endiselt kui püha ajalugu (historia sacra), mida peeti ühtlasi maailma loomisest alanud õige religiooni ajalooks.
1650. aastal sai Helmstedti ülikoolis kirikuajaloost oma iseseisva õppetooliga (historia ecclesiastica et patres) iseseisev distsipliin. Sealt eeskuju saades hakati kirikuajaloo õppetoole looma ka Euroopa teistes protestantlikes ülikoolides ja akadeemiates. Areng ei jätnud lõpuks mõjutamata ka katoliiklike ülikoole, kus kirikuajalugu jõudis iseseisva distsipliini staatuseni 18. sajandil.
Teoloogias valitsev metafüüsiline ajaloo tõlgenduspärand murti akadeemilises maailmas valgustusajal. Helmstedti ülikooli professor ja hilisem Göttingeni ülikooli kantsler Johann Lorenz von Mosheim (1694–1755) lõi 1725.–1755. aastatel kirjutatud mahuka teosega “Institutiones Historiae Ecclesiasticae” uusaegse kirikuajaloo käsitluse, milles kiriku ajalugu minetas lõplikult oma püha ajaloo staatuse. Kiriku ajaloost sai inimeste ning nende poolt langetatud otsuste ajalugu, seda tuli edaspidi käsitleda inimtegevuse ajaloona.
Olulise pöörde kirikuajaloo uurimisse tõid idealistid, kes võtsid teoloogiavälisest ajaloouurimisest üle teksti- ja allikakriitika. Tübingeni ülikooli professor Ferdinand Christian von Baurist (1792–1860) sai ajaloolis-kriitilise koolkonna looja kirikuajaloo distsipliinis ja selle kaudu jõudis ajaloolis-kriitiline meetod ka teoloogia teistesse distsipliinidesse.
Kiriku ajalugu on sealtpeale kristluse sotsiaal-kultuuriliste ajalooliste ilmnemisvormide s.t kristluse alustekstide tõlgendustest ja poliitilistest kokkulepetest sündinud kirikute ja kiriklike struktuuride ajalugu: keisrikiriku tüüpi kirikust psühhokirikuni. See on ka erinevate spiritualiteetide e vaimsuslaadide ja usuliikumiste ajalugu. Kirikuajaloo ajaline ampluaa algab kristianiseeritud ajaarvestuse esimese sajandi teisel poolel sündinud varakristliku identiteedi kujunemisest, ulatudes tänapäeva globaalkristluse eripalgelisusteni. Avaralt mõistetuna haarab kiriku ajalugu väga palju erinevaid ajalugusid: misjoniajalugu, sakraalarhitektuuri ja –kunsti ajalugu, hümnoloogia ajalugu, liturgia ajalugu, piiblitõlkimise ja tõlgendamise ajalugu, teoloogia ajalugu, asketismi ja munkluse ajalugu, kirikupoliitika ajalugu, sektide ja äratusliikumiste ajalugu. Kiriku ajalugu kui distsipliin hindab kristlust ja kirikuid ajaloolise nähtusena ajalooliste faktide pinnalt, luues sel teel kirikutele korrastatud mälu.
Kirikuajaloo kirjutamise ajaoost loe lähemalt: Riho Saard. Kristluse ajalugu selle algusest tänapäevani. Tallinn: Argo 2013, lk 9–19. (siia illustratsioon teose kaanest)
