EELK UI üheks eesmärgiks on arendada teoloogia erialast kirjastustegevust ning anda välja õppekirjandust ja muid väljaandeid. UI kirjastustegevus on suunatud eelkõige teoloogilise õppekirjanduse ja väärtuslike eestikeelsete teoloogiliste teoste ning instituudi toimetiste kirjastamisele, samuti instituudi teistele osakondadele vajaminevate materjalide väljaandmisele. EELK Usuteaduse Instituut on tegelenud kirjastamisega alates 1985. aastast ja selle aja jooksul on EELK Usuteaduse Instituudi Toimetiste sarjas ilmunud 21, EELK Usuteaduse Instituudi õppekirjanduse sarjas 9 raamatut ning EELK Usuteaduse Instituudi religioonipedagoogika õppekirjanduse sarjas 2 raamatut.