EELK Usuteaduse Instituudi rajamisel võeti õppetöö aluseks 1940. aastal suletud Tartu Ülikooli Usuteaduskonna õppekava, milles oli oluline koht erinevatel religiooniuuringute valdkonda kuuluvatel ainetel (alates 1919. aastast eksisteeris teaduskonnas eraldi õppetool mittekristlike usundite ja religiooniteaduse õpetamiseks). Hiljem on seda õppekava täiendatud ja moderniseeritud. EELK Usuteaduse Instituudis puudub küll eraldi religiooniuuringute õppekava, kuid on olemas õppetool religiooniuuringute valdkonda kuuluvate ainete õpetamiseks.
Selles õpetoolis on õpetanud Uku Masing ja Robert Kannukene. Õppeained on integreeritud teoloogia õppekavadesse (rakenduskõrgharidus, teoloogia magistriõppekava, kristliku kultuuriloo magistriõppekava). Usuteaduse Instituudi võrdleva usundiloo õppetoolis õpetatakse kõiki olulisemaid religiooniuuringute valdkonda kuuluvaid distsipliine.
Õppeainete loetelu:
Sissejuhatus religiooniuuringutesse ja maailmausunditesse
Religioonifenomenoloogia
Religiooniantropoloogia
Religioonisotsioloogia
Religioonipsühholoogia
Uususundid
Eesti rahvausund
Võrdleva usundiloo proseminar
Religiooniteaduse eriküsimused
Religioon ja poliitika Euroopas
Religiooniteoloogia ja religioonidevaheline dialoog